為盡快提升學科建設水平，學院對標對表重慶市重點學科建設標準，制定了《重慶工商大學融智學院重點學科管理辦法（試行）》，重點打造應用經濟學等4個校級學科。2018年年4月，學院應用經濟學獲批為重慶市“十三五”重點培育學科。至此，學院搭建形成了“1+2+2”重點學科體系的規劃布局及建設方案。

根據近5年發布的《武書連全國獨立學院學科排行榜》，學院經濟學學科一直保持A+等級，管理學學科從A等級上升為A+等級。2019年，學院經濟學學科排名全國第4，獲評A++等級；管理學學科排名全國第8，雙獲評A+等級。